Partant des Quatre Axes Stratégiques retenues, les 11-12 Février 2016 par l’Assemblée, les grandes lignes du plan d'action biennal 2016-2017, ont été déclinées comme suit :
Axe 1 : Echange d’expertise, formation, manifestations scientifiques (ateliers, groupe de travail, séminaires etc.)
Action 1.1
Identifier et typologier les demandes et offres de formations par la recherche (jeunes chercheurs) et pour la recherche (développement de l’expertise et mise à niveau de ressources humaines) des institutions de recherche membres et associées.
Action 1.2
Tenue d’un colloque scientifique tous les 2 à 3 ans

Axe 2 : Mutualisation des moyens, renforcement des capacités logistiques et informationnelles
Action 2.1
Identifier les possibilités de mutualisation des ressources de la région (matériel, équipements, compétences, informations), pour faciliter l’accès aux plateformes analytiques, la mobilisation des navires de recherche pour des campagnes sur plusieurs ZEE, harmonisation des moyens et systèmes d’observation (bouées océanographiques) etc.
Action 2.2
Appuyer le renforcement des capacités de couverture statistique, suivi biologique et d’évaluation des stocks et des pêcheries



Axe 3 : Interface pour le développement des initiatives, projets de recherche et études
Action 3.1
Mettre en place les mécanismes pour capitaliser et s’approprier les initiatives déjà existantes en termes de recherche dans les pays membres et au niveau de la région.
Action 3.2
Mettre en place les mécanismes de mise en cohérence des efforts et de mobilisation des fonds pour appuyer les structures et équipes de recherche
Action 3.3
Favoriser l’émergence d'une plateforme ouest-africaine multi-acteurs pour la recherche en aquaculture
Action 3.4
Appuyer l’émergence d’une plateforme régionale pour le développement de produits et services opérationnels océanographiques de suivi, de prévision et d’alerte répondant aux besoins des décideurs et acteurs du secteur halieutique
Action 3.5
Mobiliser les moyens, compétences, expertise et données du réseau pour la réalisation d’un diagnostic global des menaces et vulnérabilités dans l’ensemble de la région et ses sous-régions.
Axe 4 : Communication externe & Participation à la prise de décision dans forums internationaux
Action 4.1
Renforcer la stratégie de communication externe du RAFISMER
Mobilisation du RAFISMER pour de la COP22 (plateforme Océan & Climat du rôle des océans dans la machine climatique). ou d’autres initiatives en faveur d’une meilleure intégration
L’assemblée a également retenu la mise en œuvre d’une action transverse :
Action transverse :
Réaliser un diagnostic des capacités de recherche des institutions membres et associés du réseau (RH, Moyens, BD…)